Existen muchas hipótesis sobre el origen de los perros chihuahueños, pero todo indica que este perro de diminuto tamaño es mexicano. Una de las teorías más viables indica que estos perros tienen su origen en México precolombino, porque se han encontrado grabados con su imagen en distintas culturas mesoamericanas anteriores a 1519. Esto indicaría que es una raza antigua en nuestro continente. También se han encontrado estatuas del chihuahueño en la zona arqueológica de Cholula, lo que sugiere que formaban parte de alguna ceremonia religiosa.
Se cree que esta raza habitaba en lo que ahora es el estado de Chihuahua, vivía en estado silvestre y fue domesticada a inicios del siglo XVI por las personas de la región, expandiéndose por todo México precolombino a través del comercio.
Otra de las hipótesis es que los ancestros del chihuahueño viv
Lo más lógico es que el chihuahueño es resultado del cruce de distintas razas que habitaron el México antiguo. Los inicios de esta raza se ven reflejados en varios grabados de las culturas mesoamericanas, como la Tolteca, Azteca, Teotihuacano y Maya. El chihuahueño desciende del techichi, un perro de compañía para los toltecas. Los registros más antiguos de este perro datan del siglo IX, aunque existen probabilidades de que sus antepasados ya estuvieran presentes en la civilización maya. El Techichi era más grande que el chihuahueño y lo que de él se sabe es que era de fuerte osamenta, pelo largo y, además, era un perro mudo.